La transferencia de mayor dimensión hace referencia a la ejecución de la legislación del Estado en materia penitenciaria, también conocida como Prisiones. El acuerdo entre los Gobiernos vasco y español supone el traspaso a Euskadi de las funciones y los servicios penitenciarios, esto es, asume la competencia exclusiva para la organización, régimen y funcionamiento de los centros penitenciarios de Basauri (Bizkaia), Zaballa (Araba) y Martutene (Gipuzkoa). Asimismo, se hace cargo de la ejecución, coordinación y seguimiento del cumplimiento de penas a las personas penadas.
La transferencia será efectiva a partir del próximo 1 de octubre. Durante más de cuatro décadas han sido el Ministerio del Interior y la Secretaría de Instituciones Penitenciarias los responsables de las tres prisiones de Euskadi. A partir de octubre pasarán el testigo al Gobierno Vasco, que asumirá una red completa de recursos materiales con los que prestar el servicio público penitenciario. Actualmente hay alrededor de 1.300 reclusos en las cárceles de Zaballa (Araba), Martutene (Gipuzkoa) y Basauri (Bizkaia), de los que aproximadamente un centenar son mujeres.
Los tres inmuebles han sido traspasados a Euskadi que se hará cargo en las mismas condiciones jurídicas en las que pertenecían anteriormente al Estado. Cuando se construya la prisión de Zubieta, el Gobierno Vasco devolverá Martutene al español y asumirá la titularidad del nuevo establecimiento penitenciario. Las obras de construcción de esta prisión fueron adjudicadas por el Gobierno español el pasado mes de marzo y, según los plazos de obra establecidos, será una realidad en primavera de 2023. Esta operación no supondrá variación en la valoración del coste total anual a nivel estatal asociado al traspaso.
La transferencia también incluye la antigua cárcel de Nanclares, que fue clausurada por Instituciones Penitenciarias tras su cierre. Ya no acoge a población reclusa y hasta hace poco parte de sus dependencias eran utilizadas para dar alojamiento a funcionarios de prisiones. El centro penitenciario no se ha desafectado del servicio público.
El Gobierno Vasco integrará y se hará cargo de la nómina de cerca de 700 empleados públicos actuales que van a ser transferidos para su integración en la función pública vasca y que trabajan en las tres prisiones vascas. Alrededor de trescientos en Zaballa, mientras que en Basauri y Martutene no llegan a doscientos. La mayoría son funcionarios, aunque también hay laborales.
El traspaso se valora en 1.120.933.225 euros, por lo que la CAE retendrá anualmente para financiar las funciones y servicios asumidos (reduciendo el 6,24% del Cupo), la cantidad anual de 69.949.977 euros. De este modo, Euskadi retendrá esa cantidad sin aportarla ya al Cupo y la integrará en sus Presupuestos para poder financiar el conjunto de funciones y servicios asumidos.
En 2011, el Gobierno Vasco asumió los servicios públicos de sanidad penitenciaria integrados en Osakidetza, que incluye las actividades sanitarias de tipo médico-legal.
