La construcción del BEI ha obligado a talar el mismo numero de arboles equivalentes a dos Parques del Prado, según ha desvelado el Partido Popular de Vitoria. En total, la pérdida de patrimonio natural ha sido de más de 560 árboles, muchos de ellos centenarios y de gran valor ecológico, a lo largo de todo el recorrido del BEi entre la rotonda del Olivo, Esmaltaciones, América Latina y el HUA.
El PP de Vitoria ha mostrado su «preocupación por la gestión del arbolado urbano en la ciudad» y lo ha hecho en declaraciones a los medios de comunicación en el mismo Parque del El Prado de Vitoria. La portavoz del PP, Leticia Comerón, ha afirmado que «los esquejes de cipreses que han improvisado en el recorrido del BEi no sustituyen el patrimonio que había, no es comparable» y que «tan solo es una acción de Propaganda Verde y Marketing de Urtaran».
Comerón ha dicho que «ha llegado a tal punto el absurdo que en algunas calles como Jacinto Benavente han talado todos los árboles que llevaban décadas para después picar el suelo y plantar a continuación esquejes De cipreses en los mismos huecos». Para el PP, «esto en ningún caso cubre el destrozo ya que la pérdida es irrecuperable». Plan extraordinario de Arbolado Urbano en Vitoria «Urtaran pasará a la historia como el alcalde que más árboles taló en la ciudad. Se ha cargado la Green Capital que era nuestra principal seña de identidad. Los esquejes que ha plantado no sustituyen el destrozo que ha hecho, no es más que Propaganda Verde».

Por ello, el PP de Vitoria-Gasteiz ha reclamado a Gorka Urtaran la puesta en marcha urgente de un Plan extraordinario de Arbolado Urbano en Vitoria «con nuevas plantaciones y una buena gestión de nuestro patrimonio natural», ha reclamado su portavoz Leticia Comerón, ante las talas indiscriminadas de árboles en la ciudad.